Από την ίδρυση της Α΄ τάξης (1883) ως το 1887
Στα Χανιά υπήρξε αμέσως έντονη δραστηριότητα για ίδρυση έστω και μιας γυμνασιακής τάξης δημόσιας. Από τα αρχεία του Γυμνασίου διαπιστώνεται ότι τη σχολική χρονιά 1883-84 η τουρκική κυβέρνηση αποφάσισε να ιδρύσει την Α΄ δημόσια γυμνασιακή τάξη. Παράλληλα λειτουργούσε και η Β΄ γυμνασιακή τάξη με ιδιωτική πρωτοβουλία, καθηγητής της οποίας ήταν ο Δ. Κώνστας.Το γυμνάσιο λειτούργησε με δύο τάξεις και την επόμενη χρονιά 1884 –1885. Καθηγητής της Α΄ τάξης ήταν ο Παναγιώτης Τσένος και της Β΄ ο φιλόλογος Αντώνιος Βορεάδης, που ήταν και ο γυμνασιάρχης.Το 1885–86 ο Γενικός Διοικητής Κρήτης Σάββας πασάς κάνει έρανο και ιδρύει υπό την επίβλεψή του τη Β΄ και Γ΄ γυμνασίου. Οι δύο αυτές τάξεις ήταν ιδιοσυντήρητες. Η τουρκική κυβέρνηση δεν χρηματοδοτούσε τη λειτουργία τους, τις συντηρούσαν οι Χανιώτες με εράνους και συνδρομές. Τη χρονιά αυτή διορίστηκε ως καθηγητής της Γ΄ γυμνασίου ο φιλόλογος Αντώνιος Γιάνναρης. Ο Σάββας πασάς ήταν μορφωμένος και γι’ αυτό θεώρησε τον εαυτό του κατάλληλο να διευθύνει το γυμνάσιο. Έγινε δηλαδή ο γυμνασιάρχης του. Η σκέψη του ήταν να ιδρυθεί την επόμενη χρονιά 1886-1887 και η Δ΄ τάξη ώστε να συμπληρωθεί το Γυμνάσιο, που τότε ήταν τετρατάξιο. Η τάξη αυτή όμως δεν λειτούργησε διότι γράφτηκαν μόνο τέσσερις μαθητές, ενώ ο κατώτερος αριθμός για να λειτουργήσει μια τάξη ήταν 10. Το γυμνάσιο βρισκόταν σε κακή κατάσταση. Είχε μόνο δύο καθηγητές, απλήρωτους κι αυτούς, που αναγκάζονταν να διδάσκουν, όπως στο δημοτικό σχολείο, όλα τα μαθήματα, εκτός από τα γαλλικά.
Από την επίσημη ίδρυση του πλήρους γυμνασίου (1887) ως το 1896
Πρακτικό συνεδρίασης της Εφορείας και του Συλλόγου Καθηγητών του Πρώτου Γυμνασίου Αρρένων, σχετικό με την επιβολή ποινής σε μαθητή, 20.6.1894.
Στο πρακτικό διακρίνεται και η υπογραφή του Ε. Βενιζέλου, μέλους της Σχολικής Εφορείας.
Το επόμενο σχολικό έτος 1887-88 το Γυμνάσιο συμπληρώθηκε. Αυτή είναι και η πρώτη χρονιά που λειτουργεί ολοκληρωμένο το Γυμνάσιο Χανίων. Γράφτηκαν για πρώτη φορά συνολικά 102 μαθητές.
Τα εγκαίνια του αρτισυστάτου Γυμνασίου Χανίων΄ έγιναν με κάθε επισημότητα στις 23 Σεπτεμβρίου του 1887 και τα μαθήματα άρχισαν κανονικά αφού διορίστηκαν, εκτός από το Γυμνασιάρχη φιλόλογο Βασίλειο Ψιλάκη, και άλλοι έξι καθηγητές, οι εξής: Νικόλαος Παλιεράκης, φιλόλογος, Πέτρος Μανταδάκης, φιλόλογος, Δημήτριος Παπαδάκης, προλύτης της φιλοσοφίας, Διονύσιος Κονοφάος, μαθηματικός, Γεώργιος Κιουρτζάκης, θρησκευτικά, Ανδρέας Rostand, για τη διδασκαλία των γαλλικών.Μέχρι το σχολικό έτος 1895-96 το Γυμνάσιο λειτούργησε κανονικά, αν και ποτέ πια οι μαθητές του δεν έφτασαν τον αριθμό 100. Οι περιπέτειες της Κρήτης, οι συνεχείς επαναστάσεις δεν άφηναν περιθώριο στις οικογένειες να στέλνουν τα παιδιά τους στο Γυμνάσιο, αλλά και οι ίδιοι οι νέοι προτιμούσαν να κρατούν το τουφέκι παρά την πένα. Γι’ αυτό και αυτά τα κρίσιμα και οδυνηρά χρόνια παρατηρείται ότι η ηλικία των μαθητών ήταν μεγάλη, ενώ ο αριθμός των εγγραφόμενων διαρκώς μειωνόταν. Το σχολικό έτος 1895-96 το Γυμνάσιο λειτούργησε μόνο με 38 μαθητές, το δε σχολικό έτος 1896-1897 γράφτηκαν μεν 30, αλλά το Γυμνάσιο δεν λειτούργησε κανονικά, διότι τα μαθήματα διακόπηκαν στις 20 Ιανουαρίου 1897. Είχαν αρχίσει οι σφαγές των Τούρκων, ακολούθησε η επανάσταση και το Γυμνάσιο έμεινε κλειστό για 2 χρόνια.Την περίοδο αυτή μέλος της Σχολικής Εφορείας του Γυμνασίου ήταν και ο Ελευθέριος Βενιζέλος, νέος δικηγόρος τότε στα Χανιά. Η υπογραφή του διακρίνεται σε πρακτικό συνεδρίασης της Εφορείας και του Συλλόγου των καθηγητών για την επιβολή ποινής σε μαθητή (20–6–1894).
Το γυμνάσιο στα χρόνια της Κρητικής Πολιτείας (1898-1913)
Χειλουδάκης Κυράκος, ιστορικός. Γυμνασιάρχης του Α΄ Γυμνασίου το 1909.
Έργο της ζωγράφου Αγλαίας Ξενάκη - Περράκη για λογαριασμό της Περιβαλλοντικής Ομάδας του Α΄ Λυκείου Χανίων.
Το Γυμνάσιο άνοιξε ξανά, όπως και τα περισσότερα σχολεία, μετά τις σφαγές και την επανάσταση του 1897. Η Κρήτη ήταν πια αυτόνομη με την επικυριαρχία του σουλτάνου. Οι νόμοι της Κρητικής Πολιτείας για την παιδεία άλλαζαν συχνά μέσα σε μια δεκαετία. Το Γυμνάσιο αρχικά (1899-1901) έγινε επτατάξιο, αφού προσαρτήθηκε σ’ αυτό το τριτάξιο Ελληνικό Σχολείο. Τα χρόνια 1902-1911 έγινε ξανά τετρατάξιο, παρά τις έντονες αντιρρήσεις. Από το 1911 λειτούργησε πάλι ως εξατάξιο και διατηρήθηκε έτσι ως και μετά την Ένωση με την Ελλάδα (1913), στην οποία τα γυμνάσια εξακολουθούσαν να είναι τετρατάξια μέχρι του 1929.
