Στη συνοικία Καστέλι της παλιάς πόλης (1883-1896)
Σε βενετσιάνικο αρχοντικό στους Αγίους Αναργύρους (1901-1907)
Όταν το 1899, επί Κρητικής πια Πολιτείας, άνοιξαν πάλι τα σχολεία, η χριστιανική Επιτροπεία αποφάσισε να στεγαστεί το Γυμνάσιο στο ίδιο κτίριο με το Παρθεναγωγείο. Την επόμενη χρονιά όμως το δημοτικό συμβούλιο αποφάσισε να μεταστεγαστεί το Γυμνάσιο στο κτίριο του δημοτικού κήπου, αφού προηγουμένως γινόταν η κατάλληλη διαρρύθμιση. Αυτό όμως δεν φαίνεται να πραγματοποιήθηκε ποτέ και το Γυμνάσιο εξακολούθησε να συστεγάζεται στο κτίριο της χριστιανικής Κοινότητας μαζί με το Παρθεναγωγείο μέχρι το φθινόπωρο του 1901. Όταν λίγο αργότερα μεταφέρθηκε η επισκοπή στο κτίριο, που έκτισε ο τσάρος Νικόλαος μπροστά από την Τριμάρτυρη, το παλιό επισκοπικό μέγαρο εγκαταλείφτηκε και χρησιμοποιήθηκε για να στεγάσει το Γυμνάσιο. Ήταν ένα παλιό βενετσιάνικο αρχοντικό στα στενά των Αγίων Αναργύρων, που διατηρείται ερείπιο ως σήμερα.
Στο Αρχηγείο της Κρητικής Χωροφυλακής (1908-1910)
Το Γυμνάσιο μεταφέρθηκε στο Κουμ Καπί σε μισθωμένο κτίριο στην οδό Χαλέπας (σημερινή Ελ. Βενιζέλου στον αρ. 38) που μέχρι τότε το χρησιμοποιούσε ως Αρχηγείο η Κρητική Χωροφυλακή. Το κτίριο αυτό ήταν μια λύση ανάγκης, γιατί, αν και ήταν υγιεινότερο από το προηγούμενο του παλιού Επισκοπείου, δεν ήταν κατάλληλο για σχολείο και η περιοχή τότε θεωρούνταν υποβαθμισμένη, λόγω του ότι υπήρχαν κοντά οι καλύβες των χαλικούτηδων. Η ευκαιρία της εξεύρεσης κατάλληλου οικήματος δόθηκε όταν στις 13 Ιουλίου του 1909 αποχώρησαν τα τελευταία ξένα στρατεύματα από την Κρήτη.
Στη δυτική πτέρυγα του πρώην Γαλλικού στρατώνα (1911 μέχρι σήμερα)